水下爆破常用的方法有裸露爆破法、钻孔爆破法以及洞室爆破法等。一般多采用钻孔爆破法。目前潜水钻孔作业很少采用，多利用钻孔爆破船在水上进行作业。水下成孔后，若不立即装药则必须进行护孔，以免泥沙堵塞。一般采用将塑料管的一端直插孔底，另一端露出水面，并用胶带垫圈封闭护孔，也可用铁管。水下爆破参数的计算尚无成熟的方法，主要靠经验和现场爆破试验来确定装药量等参数。水下爆破的起爆方法分为有线和无线起爆两类。有线起爆方法和陆地爆破一样，且多为电雷管的电力起爆网路；无线起爆是利用声波和电波控制，在陆上或船上装有发射装置，起爆药包内装有接收装置，这种起爆方法费用较高。为防止水下爆破对水中构筑物、船舶及鱼类的危害，可选用改变结构物的受力条件；设置防护结构；设置气泡帷幕；设置气垫孔等措施。